Você pode ter ativado o modo Vanish no Facebook Messenger ou pode ter havido uma falha no seu aplicativo de mensagens.
As mensagens simplesmente não desaparecem no Facebook Messenger, e os usuários muitas vezes ativam acidentalmente o modo Vanish, o que faz com que as mensagens se autodestruam.
Se você não estiver usando o modo Vanish, as mensagens não serão excluídas do Facebook Messenger e vice-versa.