Telegram koristi poslužiteljsko-klijentsku enkripciju za standardne chatove u oblaku, što znači da su poruke sigurne dok se prenose i pohranjuju na Telegramovim poslužiteljima. Telegram sada koristi end-to-end enkripciju kako bi poboljšao zaštitu privatnosti korisnika u tajnim razgovorima, čineći poruke čitljivima samo namijenjenim korisnicima.
Ne, Telegram nije end-to-end kriptiran prema zadanim postavkama, a korisnici moraju aktivirati uslugu odabirom vrlo sigurnog korisničkog imena i lozinke. Iako tajni chatovi imaju end-to-end enkripciju, uobičajeni chatovi u oblaku imaju enkripciju poslužitelj-klijent.
Telegram je omogućio enkripciju i sigurnosne značajke, dok WhatsApp nudi isto, ali s drugačijim mehanizmom enkripcije. WhatsApp primjenjuje end-to-end enkripciju na sve svoje razgovore i ne pravi razliku između njih u smislu razine sigurnosti.