Telegram menggunakan enkripsi server-klien untuk obrolan cloud standar, yang berarti pesan aman saat dikirim dan disimpan di server Telegram. Telegram kini menggunakan enkripsi ujung ke ujung untuk meningkatkan perlindungan privasi pengguna di Obrolan Rahasia, sehingga pesan hanya dapat dibaca oleh pengguna yang dituju.
Tidak, Telegram tidak dienkripsi ujung ke ujung secara default, dan pengguna harus mengaktifkan layanan dengan memilih nama pengguna dan kata sandi yang sangat aman. Meskipun Obrolan Rahasia memiliki fitur enkripsi ujung ke ujung, obrolan cloud biasa memiliki enkripsi server-klien.
Telegram telah menyediakan fitur enkripsi dan keamanan, sedangkan WhatsApp menawarkan hal yang sama namun dengan mekanisme enkripsi yang berbeda. WhatsApp menerapkan enkripsi ujung ke ujung untuk semua percakapannya dan tidak membedakannya dalam hal tingkat keamanan.