Telegram sử dụng mã hóa máy chủ-máy khách cho các cuộc trò chuyện trên đám mây tiêu chuẩn, nghĩa là tin nhắn được bảo mật khi chúng được truyền và lưu trữ trên máy chủ của Telegram. Telegram hiện sử dụng mã hóa đầu cuối để tăng cường bảo vệ quyền riêng tư của người dùng trong Trò chuyện bí mật, giúp chỉ những người dùng mong muốn mới có thể đọc được tin nhắn.
Không, Telegram không được mã hóa hai đầu theo mặc định và người dùng phải kích hoạt dịch vụ bằng cách chọn tên người dùng và mật khẩu rất an toàn. Mặc dù Trò chuyện bí mật có tính năng mã hóa đầu cuối nhưng các cuộc trò chuyện trên đám mây thông thường có mã hóa máy chủ-máy khách.
Telegram đã cung cấp các tính năng mã hóa và bảo mật, trong khi WhatsApp cung cấp tính năng tương tự nhưng với cơ chế mã hóa khác. WhatsApp áp dụng mã hóa đầu cuối cho tất cả các cuộc trò chuyện của mình và không phân biệt giữa chúng về mức độ bảo mật.