Telegram ใช้การเข้ารหัสเซิร์ฟเวอร์-ไคลเอนต์สำหรับการแชทบนคลาวด์มาตรฐาน ซึ่งหมายความว่าข้อความมีความปลอดภัยในขณะที่ส่งและจัดเก็บบนเซิร์ฟเวอร์ของ Telegram ขณะนี้ Telegram ใช้การเข้ารหัสจากต้นทางถึงปลายทางเพื่อปรับปรุงการปกป้องความเป็นส่วนตัวของผู้ใช้ในการแชทลับ ทำให้เฉพาะผู้ใช้ที่ต้องการอ่านข้อความได้เท่านั้น
ไม่ Telegram ไม่ได้รับการเข้ารหัสจากต้นทางถึงปลายทางตามค่าเริ่มต้น และผู้ใช้จะต้องเปิดใช้งานบริการโดยเลือกชื่อผู้ใช้และรหัสผ่านที่ปลอดภัยมาก แม้ว่า Secret Chats จะมีการเข้ารหัสแบบ end-to-end แต่การแชทบนคลาวด์ตามปกติก็มีการเข้ารหัสเซิร์ฟเวอร์ไคลเอ็นต์
Telegram นำเสนอฟีเจอร์การเข้ารหัสและการรักษาความปลอดภัย ในขณะที่ WhatsApp นำเสนอฟีเจอร์เดียวกัน แต่มีกลไกการเข้ารหัสที่แตกต่างกัน WhatsApp ใช้การเข้ารหัสจากต้นทางถึงปลายทางกับการสนทนาทั้งหมด และไม่แยกความแตกต่างในแง่ของระดับความปลอดภัย